El 26 de marzo de 1991, Argentina, Brasil, Paraguay y Uruguay comenzaron el proceso de integración del Cono Sur, firmando el Tratado de Asunción, que constituyó al Mercado Común del Sur – MERCOSUR. En su artículo 24 fue previsto el establecimiento de la Comisión Parlamentaria Conjunta del MERCOSUR, cuyo objetivo era insertar al Poder Legislativo en el proceso de implementación del Bloque, siendo la Comisión un canal de comunicación entre los Poderes Ejecutivos y los Legislativos de los Estados Partes.
En 1994, por el Protocolo de Ouro Preto, fue creada la estructura institucional del MERCOSUR, que incluyó a la Comisión Parlamentaria Conjunta, compuesta por Representaciones de los Parlamentos Nacionales de los Estados Partes del Bloque.
Durante doce años la Comisión Parlamentaria Conjunta se constituyó en el brazo parlamentario del MERCOSUR, integrando los Parlamentos Nacionales de los Estados Partes con los órganos institucionales del MERCOSUR, y en especial, con el Consejo del Mercado Común y con el Grupo Mercado Común.
Con la profundización del proceso de integración, quedó clara la necesidad de una mayor participación de los Legislativos Nacionales. En 2003, la Comisión Parlamentaria Conjunta celebró con el Consejo del Mercado Común, un Acuerdo Interinstitucional para agilizar la tramitación en los Congresos Nacionales de toda temática que exigiese la aprobación legislativa para su recepción por los ordenamientos jurídicos de los respectivos Estados Partes del MERCOSUR. Luego, el Consejo del Mercado Común aprobó el Programa de Trabajo 2004-2006 que previó en su Capítulo MERCOSUR Institucional la elaboración de una propuesta relativa al establecimiento del Parlamento del MERCOSUR.
En 2004, fue firmada la Decisión del Consejo del Mercado Común dando autonomía a la Comisión Parlamentaria Conjunta para redactar el Protocolo Constitutivo del Parlamento del MERCOSUR.
En el correr de 2006, los Parlamentos Nacionales de los Estados Partes aprobaron el Protocolo Constitutivo del Parlamento del MERCOSUR, y el 14 de diciembre, en Brasilia, la capital de Brasil en una Sesión Solemne del Congreso Nacional, se constituyó el referido Parlamento Regional.
El día 07 de mayo de 2007, en la ciudad de Montevideo, Uruguay, sede oficial del Parlamento del MERCOSUR, fue realizada la Sesión de Instalación, oportunidad en que tomaron sus cargos los Parlamentarios del MERCOSUR. Asi, se dio inicio a la primera etapa de transición prevista en el Protocolo – del 31 de diciembre de 2006 al 31 de diciembre de 2010 – cargos ocupados por 18 representantes por país, indicados por sus respectivos Parlamentos Nacionales.
Participaron de esa primera Sesión del Parlamento del MERCOSUR los representantes de Argentina, Brasil, Paraguay y Uruguay.
En 2007, Paraguay aprobó la Ley Nacional para las elecciones directas de Parlamentarios del MERCOSUR. A partir de ese momento, pasaron a ser electos 18 Parlamentarios exclusivos para el organismo.
En el año 2009, se celebró el Acuerdo Político que estebleció la proporcionalidad atenuada, la cual aumento la participación de los Estados Partes en función de la nueva representación paraguaya. En este formato, vigente hasta que cada Estado Parte realize su elección directa, el número de parlamentarios del PARLASUR quedo constituido de la siguiente manera: Argentina 26; Brasil 37, Paraguay 18; Uruguay 18 y Venezuela 23.
El Acuerdo tambiém establece normas para que los Estados Partes sean representados, a parir de las eleciones directas, de acuerdo con el criterio de proporcionalidad atenuada. A partir de sus respectivas eleciones directas, el organismo tendrá la siguiente composición parlamentaria: Argentina 43; Brasil 75; Paraguay 18; Uruguay 18 y Venezuela 33.
El 13 de agosto de 2013, Venezuela fue incorporada juridicamente al MERCOSUR.
En 2014, Venezuela se incorporó definitivamente como miembro pleno del bloque.
Por su parte, el Congreso Argentino en 2014, aprobó la Ley Electoral para la elección directa de los 43 Parlamentarios para el PARLASUR, conforme al criterio de representación ciudadana.
En octubre de 2015, se celebraron las eleccíones directas en Argentina donde fueron electos los 43 Parlamentarios. Tomando compromiso de sus bancas en el organismo regional el 14 de diciembre de 2015.
Con la Decisión que establece a Bolivia como Estado en proceso de adhesión al MERCOSUR, este país pasa a integrar el PARLASUR con derecho a voz y participación, sin derecho a voto.
En el momento que se complete la adhesión plena de Bolivia al MERCOSUR, el país pasará a tener 18 Parlamentarios en el PARLASUR.
Realizando Sesiones Plenarias en su sede, desde mayo de 2007 y contando con un Reglamento Interno desde agosto de 2007, el Parlamento ya aprobó importantes medidas, básicamente en el campo de Declaraciones Políticas y Recomendaciones de Normas, además de haber promovido diversas audiencias públicas sobre importantes temas de integración.
El Parlamento se ha configurado gradualmente como una verdadera casa representativa popular, con debates y votaciones canalizados por corrientes de ideas y Grupos Políticos.
PRESIDENCIAS DEL PARLAMENTO DEL MERCOSUR
| PRESIDENCIAS | PAÍS | FECHA DE INICIO | FECHA DE TÉRMINO |
| Alfoso González Núñez | PARAGUAY | 7 de mayo de 2007 | 25 de junio de 2007 |
| Roberto Conde | URUGUAY | 25 de junio de 2007 | 18 de diciembre de 2007 |
| José Pampuro | ARGENTINA | 18 de diciembre de 2007 | 27/28 de junio de 2008 |
| Dr. Rosinha | BRASIL | 27/28 junio de 2008 | 10 de febrero de 2009 |
| Ignacio Mendoza Unzaín | PARAGUAY | 10 de febrero de 2009 | 17 de agosto de 2009 |
| Juan José Domínguez | URUGUAY | 17 de agosto de 2009 | febrero de 2010 |
| José Pampuro | ARGENTINA | febrero de 2010 | 9 de agosto de 2010 |
| Aloizio Mercadante | BRASIL | 9 de agosto de 2010 | 6 de junio de 2011 |
| Ignacio Mendoza Unzaín | PARAGUAY |
7 de junio de 2011 |
30 de Junio de 2013 |
| Rubén Martínez Huelmo | URUGUAY | 1° de Julio de 2013 | 15 de febrero de 2015 |
| Saúl Ortega | VENEZUELA | 26 de febrero de 2015 | 31 de diciembre de 2015 |
| Jorge Taiana | ARGENTINA | 1° de enero de 2016 | 31 de diciembre de 2016 |