Em 26 de março de 1991, Argentina, Brasil, Paraguai e Uruguai deram início ao processo de integração do Cone Sul, assinando o Tratado de Assunção, que constituiu o Mercado Comum do Sul – MERCOSUL. Em seu artigo 24º foi previsto o estabelecimento da Comissão Parlamentar Conjunta do MERCOSUL, cujo objetivo era inserir o Poder Legislativo no processo de implementação do Bloco, sendo a Comissão um canal de comunicação entre os Poderes Executivos e os Legislativos dos Estados Partes.
Em 1994, pelo Protocolo de Ouro Preto, foi criada a estrutura institucional do MERCOSUL, que incluiu a Comissão Parlamentar Conjunta, composta por Representações dos Parlamentos Nacionais dos Estados Membros do Bloco.
Durante doze anos a Comissão Parlamentar Conjunta constituiu-se no braço parlamentar do MERCOSUL, integrando os Parlamentos Nacionais dos Estados Partes com os órgãos institucionais do MERCOSUL, e em especial, com o Conselho Mercado Comum e com o Grupo Mercado Comum.
Com o aprofundamento do processo de integração, ficou clara a necessidade de uma maior participação dos Legislativos Nacionais. Em, 2003, a Comissão Parlamentar Conjunta celebrou com o Conselho do Mercado Comum, um Acordo Interinstitucional para agilitar a tramitação nos Congressos Nacionais de toda matéria que exigisse aprovação legislativa para sua recepção pelos ordenamentos jurídicos dos respectivos Estados Membros do MERCOSUL. Logo, o Conselho do Mercado Comum aprovou o Programa de Trabalho 2004-2006 que previu em seu Capítulo MERCOSUL Institucional, a elaboração de proposta relativa ao estabelecimento do Parlamento do MERCOSUL.
Em 2004, foi assinada a Decisão do Conselho Mercado Comum dando autonomia para a Comissão Parlamentar Conjunta para redigir o Protocolo de Constituição do Parlamento do MERCOSUL.
No decorrer de 2006, os Parlamentos Nacionais dos Estados Membros aprovaram o Protocolo Constitutivo do Parlamento do MERCOSUL, e em 14 de dezembro, em Brasília, na capital do Brasil em Sessão Solene do Congresso Nacional, foi constituído o Parlamento Regional.
No dia 07 de maio de 2007, na cidade de Montevidéu, no Uruguai, sede oficial do Parlamento do MERCOSUL, foi realizada a Sessão de Instalação, oportunidade em que tomaram posse os Parlamentares do MERCOSUL. Assim deu-se começo à primeira etapa de transição prevista no Protocolo, de 31 de dezembro de 2006 a 31 de dezembro de 2010, cargos ocupados por 18 representantes por país, indicados pelos seus respectivos Parlamentos Nacionais.
Participaram dessa primeira sessão do Parlamento do MERCOSUL os representantes da Argentina, do Brasil, do Paraguai e do Uruguai.
Em 2007, Paraguai aprovou a Lei Nacional para as eleições diretas de Parlamentares do MERCOSUL. A partir desse momento, passaram a ser eleitos 18 Parlamentares exclusivos para o organismo.
No ano de 2009, se celebrou o Acordo Político que estabeleceu a proporcionalidade atenuada, a qual aumentou a participação dos Estados Partes em função da nova representação paraguaia. Neste formato, vigente até que cada Estado Parte realize sua eleição direta, o número de parlamentares do PARLASUL ficou constituído da seguinte maneira: Argentina 26; Brasil 37, Paraguai 18; Uruguai 18 e Venezuela 23.
O Acordo também estabelece normas para que os Estados Partes sejam representados, a partir das eleições diretas, de acordo com o critério de proporcionalidade atenuada. A partir de suas respectivas eleições diretas, o organismo terá a seguinte composição parlamentar: Argentina 43; Brasil 75; Paraguay 18; Uruguay 18 y Venezuela 33.
Em 13 de agosto de 2013, a Venezuela foi incorporada juridicamente ao MERCOSUL.
Em 2014, a Venezuela se incorporou definitivamente como membro pleno do bloco.
Por sua vez, o Congresso Argentino em 2014, aprovou a Lei Eleitoral para a eleição direta de lós 43 Parlamentares para o PARLASUL, conforme o critério de representação cidadã.
Em outubro de 2015, se celebraram as eleições diretas na Argentina onde foram eleitos os 43 Parlamentares. Tomando compromisso de suas bancas no organismo regional em 14 de dezembro de 2015.
Com a Decisão que estabelece a Bolívia como Estado em processo de adesão ao MERCOSUL, este país passa a integrar o PARLASUL com direito a voz e participação, sem direito a voto.
No momento que se complete a adesão plena da Bolívia ao MERCOSUL, o país passará a ter 18 Parlamentares no PARLASUL.
Realizando Sessões Plenárias em sua sede, desde maio de 2007 e contando com Regimento Interno desde agosto de 2007, o Parlamento já aprovou importantes medidas, principalmente no campo de Declarações Políticas e Recomendações de Normas, além de ter promovido diversas audiências públicas sobre importantes temas de integração.
O Parlamento, tem se configurado gradativamente como uma verdadeira casa representativa popular, com debates e votações canalizados por correntes de idéias e agrupamentos políticos.
SEQUÊNCIA DE PRESIDÊNCIAS DO PARLAMENTO DO MERCOSUL
| PRESIDÊNCIAS | PAÍS | DATA DE INÍCIO | DATA DE TÉRMINO |
| Alfoso González Núñez | PARAGUAI | 7 de maio de 2007 | 25 de junho de 2007 |
| Roberto Conde | URUGUAI | 25 de junho de 2007 | 18 de dezembro de 2007 |
| José Pampuro | ARGENTINA | 18 de dezembro de 2007 | 27/28 de junho de 2008 |
| Dr. Rosinha | BRASIL | 27/28 de junho de 2008 | 10 de feveiro 2009 |
| Ignacio Mendoza Unzaín | PARAGUAI | 10 de fevereiro de 2009 | 17 de agosto de 2009 |
| Juan José Domínguez | URUGUAI | 17 de agosto de 2009 | fevereiro de 2010 |
| José Pampuro | ARGENTINA | fevereiro de 2010 | 9 de agosto de 2010 |
| Aloizio Mercadante | BRASIL | 9 de agosto de 2010 | 6 de junho de 2011 |
| Ignacio Mendoza Unzaín | PARAGUAI | 7 de junho de 2011 | 30 de junho de 2013 |
| Rubén Martínez Huelmo | URUGUAI | 1° de junho 2013 | 15 de fevereiro de 2015 |
| Saúl Ortega | VENEZUELA | 26 de fevereiro de 2015 | 31 de dezembro de 2015 |
| Jorge Taiana | ARGENTINA | 1° de janeiro de 2016 | 31 de dezembro de 2016 |