El Parlamento del Mercosur tiene en su estructura 5 (cinco) Secretarias, responsables por las diferentes actividades de la institución.
Son ellas:
- Secretaria de la Presidencia
- Secretaria de Relaciones Institucionales y Comunicación Social: responsable por el relacionamiento del Parlamento del Mercosur con los Congresos Nacionales de los Estados partes, los organismos del bloque, los ciudadanos, las organizaciones sociales y comunitarias, y la prensa. También es responsable por difundir las actividades de la institución junto a los medios de comunicación.
- Secretaria de Relaciones Internacionales y Integración: responsable por el relacionamiento internacional del Parlamento con otros sistemas de integración (Unión Europea, Comunidad Andina, Comunidad Sudamericana de Naciones, etc ) y organismos internacionales (BID, ONU, OEA, OMC).
- Secretaria Parlamentaria: le incumben las tareas de gestión y asesoramiento de las actividades parlamentarias: Sesiones Ordinarias, Extraordinarias y Protocolares; Reuniones de Comisiones Permanentes y Especiales; y Reuniones publicas. Igualmente es responsable por la documentación del Parlamento, Diario de sesiones, biblioteca y archivo.
- Secretaria Administrativa: responsable por la administración del Parlamento y tiene como funciones: la gestión financiera y contable, la correspondencia oficial compartida con la Secretaria Parlamentaria, informática, y las demás tareas administrativas inherentes del Parlamento.